Hidalgo je krenuo prema Aguascalientesu i krenuo prema Zacatecasu. Ovdje je utvrđeno da su glavni vođe, s najboljim trupama i novcem, otišli u Sjedinjene Države.
Već na putu, rojalisti su ih zarobili 21. ožujka u Norias del Baján ili Acatita del Baján. Hidalgo je odveden u Monclovu, odakle je 26. ožujka otišao kroz Alamo i Mapimí, a 23. ušao je u Chihuahua. Tada je formiran postupak, a 7. svibnja uzeta je prva izjava. Crkveni karakter Hidalga uzrokovao je da se njegov postupak odgađa više nego postupak njegovih drugova.
Kazna za propadanje izrečena je 27. srpnja, a 29. srpnja izvršena je u Kraljevskoj bolnici u kojoj je bio zatvoren Hidalgo. Ratno vijeće osudilo je zatvorenika da ga se stavi na oružje, a ne na javno mjesto poput njegovih pratilaca, i pucajući u prsa, a ne u leđa, čime je sačuvao glavu. Hidalgo je rečenicu čuo mirno i pripremio se za smrt.
Njegov posljednji dan opisan je na sljedeći način: „U zatvoru mu je poslužen čokoladni doručak, a nakon što ga je uzeo, molio je da mu se umjesto vode posluži čaša mlijeka, što je završio s izvanrednim iskazivanjem apetita i zadovoljstva. Trenutak kasnije rečeno mu je da je došlo vrijeme za mučenje; Čuo je to bez promjene, ustao i izjavio da je spreman za polazak. Zapravo je izašao iz odvratne kocke u kojoj se nalazio i, pomaknuvši se petnaest ili dvadeset koraka od nje, na trenutak se zaustavio, jer ga je časnik straže pitao da li mu se nudi nešto da posljednji raspoloži; Na to je odgovorio da da, htio je da mu donesu slatkiše koje je ostavio na jastucima: doista su ih donijeli i podijelivši ih istim vojnicima koji su ga trebali zapaliti i krenuli iza njega, ohrabrio ih je i utješio svojim opraštanjem i njegove najslađe riječi da rade svoj posao; A budući da je vrlo dobro znao da mu je naređeno da ne puca u glavu, i bojao se da će puno patiti, jer je još bio sumrak i predmeti se nisu jasno vidjeli, zaključio je rekavši: "Desna ruka koju ću staviti na svoja prsa bit će , djeco moja, sigurna meta do koje morate ići ”.
„Klupa mučenja postavljena je tamo u unutarnjem toralu navedene škole, za razliku od onoga što je učinjeno s ostalim junacima, koji su pogubljeni na malom trgu iza spomenute zgrade i tamo gdje je danas spomenik. to nas podsjeća na njega i novi tržni centar koji je nosio njegovo ime; i kad je Hidalgo znao za mjesto na koje je upućen, krenuo je čvrstim i vedrim korakom i ne dopuštajući da mu se povežu oči, moleći snažnim i žarkim glasom psalam Miserere me; Stigao je do odra, poljubio ga rezignirano i s poštovanjem, i unatoč nekim prepirkama zbog kojih nije sjedio okrenutih leđa, zauzeo je mjesto okrenuto sprijeda, stavio ruku na srce, podsjetio je vojnike da je to točka na koju bi trebali pucati u njega, a trenutak kasnije eksplodiralo je pražnjenje pet pušaka, od kojih je jedna učinkovito probila desnu ruku bez ozljeda srca. Junak je, gotovo neustrašiv, napeo svoju molitvu, a njihovi su glasovi utihnuli kad je ponovno detonirano još pet puščanih njuški, čiji su meci, prolazeći pored tijela, raskinuli veze koje su ga vezale za klupu, a čovjek je pao u jezero od krvi, još nije bio umro; bila su potrebna još tri metka da bi se okončalo to dragocjeno postojanje, koje je poštovalo smrt više od 50 godina. "
Njegova glava, s glavama Allendea, Aldame i Jiméneza, bile su smještene u željezne kaveze na uglovima Alhóndige de Granaditas u Guanajuatu. Tijelo je pokopano u trećem redu San Francisca de Chihuahua, a 1824. prtljažnik i glava doneseni su u Meksiko, da bi bili pokopani s velikom svečanošću.
