Rođen u Ozumbi, država Meksiko, 1737. godine, prihvatio je redovničku karijeru i zaređen za svećenika u dobi od dvadeset godina.
Unatoč svom filozofskom obrazovanju, od vrlo se mladog doba bavi znanjem i primjenom prirodnih znanosti, fizike, matematike i astronomije. Objavljuje vrijedna djela na znanstvene teme u novinama i časopisima svoga doba. Stekao je međunarodni ugled i imenovan je odgovarajućim partnerom Pariške akademije znanosti. Provodi velik dio vremena provodeći znanstvene eksperimente i okuplja ogromnu knjižnicu. Sakupljač je arheoloških dijelova i rijetkih primjeraka biljaka i životinja. Istražite Xochicalco. Kako bi mu se poklonili, 1884. godine osnovano je Znanstveno društvo Antonio Alzate, koje je 1935. postalo Nacionalna akademija znanosti. Njegovo najpoznatije uredničko djelo su bilješke o drevnoj povijesti Meksika isusovca Francisca Javiera Clavijera. Kaže se da je daleki rođak Sor Juane Inés de la Cruz. Umro je u Mexico Cityju 1799.
