Pokrštavanje jakija bilo je ono što je omogućilo da se vjerski narod proširi 1609. godine, prodirući na područje Sonore.
Tijekom kolonije Sonora je odgovarala samo padinama Sierra Madre Occidental unutar granica tog entiteta. Regija koja je tekla sjeverno od rijeke Yaqui, uključujući Real de la Cieneguilla, zvala se Pimería Baja, a najsjevernija regija od tog Reala do rijeke Colorado - već u sadašnjoj sjevernoameričkoj državi Arizoni - Pimería Alta.
Sadašnji teritorij Sonora također uključuje malu regiju na jugozapadu onoga što je tada bilo poznato kao Pimería, smješteno u državi Chihuahua i Ostimuri, mjestu smještenom na obalama Kalifornijskog zaljeva, između rijeka Mayo i Yaqui.
1614. misionari Pérez de Rivas i Pedro Méndez kristijanizirali su Maje na području Ostimurija, podijelivši misiju na tri okruga: Santa Cruz (na ušću Mayoa), Navojoa i Tesia.
Tepahuesi su bili uključeni zajedno s Cornicarisima 1620. godine. Otac Miguel Godínez osnovao je misije San Andrés de Cornicari i Asunción de Tepahui . Iste godine osnovan je Rektorat San Ignacio, koji je uz pet prethodno spomenutih misija obuhvaćao i misije Bacúm, Torín i Rahún, smještene na ušću Yaquija.
1617. godine roditelje Pérez de Rivas i Tomás Basilio preobratili su Yakije. Unatoč pretrpljenim ustancima, neredima, mukama i ubojstvima, obraćenje Sonore bilo je brže i učvršćenije. Do 17. stoljeća isusovci su se proširili i osnovali misiju Maycobe i Yecore u jugozapadnom dijelu onoga što su znali kao Chínipas.
Misije od rijeke Yaqui na sjeveru bile su podijeljene u četiri rektorijuma: misija San Borja grupirala je misije: Cucumaripa i Tecoripa , osnovana 1619 .; Movas i Onovas, 1622 .; Sahuaripa 1627 .; Matape 1629; Onapa 1677. i Arivechi , 1727. Rektorat tri sveta japanska mučenika koji je obuhvaćao Batuco osnovan 1627, Oposura 1640 i Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca i San Miguel Bavispe , osnovan 1645. I rektorat San Javiera koji je integrirao misije Uresa 1636; Aconchi, Opodepe i Banámichi 1639 .; Cucurpe i Arizpe 1648., a Cuaquiárachi 1655.
1687. godine misionar Eusebio Francisco Kino ušao je u Pimería Alta i započeo misije Rektorata Nuestra Señora de los Dolores, osnovavši: Caborca, kojoj je dodijeljen Francisco Javier Saeta koji održava korespondenciju s njegovom duhovnom potporom, ocem. Kino; Atil, Tubutama, Gospe od žalosti de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera i Imuris.
Nakon protjerivanja isusovaca, za misije su bili zaduženi franjevci, koji više nisu gradili, već su se ograničili samo na pokušaj očuvanja postojećih. Nakon što su isusovci već uspostavili naselja u Sinaloi i Sonori, okrenuli su pogled ka kalifornijskom teritoriju.
