Liječnik i učitelj Sebastián Roldán y Maldonado oporukom je 1735. godine dao bogatstvo od 26 tisuća pezosa za misije isusovaca u svijetu nove Španjolske.
Njegova sestra, gospođa Ángela Roldán, udovica H. (O) rdeñane, godinama kasnije, 1743., odlučila je dodati bračnom nasljeđu 50 tisuća pesosa u istu svrhu. Nadređeni su tada odlučili u Puebli steći zemljište uz Plazu de Guadalupe za izgradnju crkve i škole San Francisco Javier, posljednje važno djelo Družbe Isusove u tom gradu i u Meksiku prije njihovog protjerivanja.
Između 1. i 13. prosinca 1751. održano je otvorenje crkve i škole kako bi, poput crkve San Gregorio de México, darovali kršćanski nauk i prva pisma domorocima, obavljali misionarski rad u susjedstvu Angelópolisa i Sierra de Puebla, kao i za obuku isusovaca na prirodnim jezicima. U svojim ranim godinama imao je više od 200 učenika.
Tamo je radio kao indijski radnik od 1761. godine, prema zapisima, najpoznatija ličnost svoga doba: Francisco Javier Clavijero (1731.-1787.), Važan i ugledan isusovac u povijesti ideja, preteča naše ovisnosti, pokretač i egzalter našeg snažnog autohtonog kulturnog nasljeđa, reformator moderne meksičke filozofije i nastave znanosti, zbog svog "razumijevanja domovine kao stvarnosti koja se razlikuje od Španjolske" i zbog svoje trajne i osjetljive lekcije iz ljubavi prema onome što je naše.
Clavijero je već bio u Puebli, a prije godina i u San Jerónimu, San Ignaciju, EI Espíritu Santo i San Ildefonso, odrednicama u svom humanističkom treningu. Vratio se u San Javier nakon što je otkrio prekrasno nasljeđe koje je Carlos de Sigüenza y Góngora ostavio u Colegio de San Pablo de la Vieja México-Tenochtitlan, zasigurno privučeno autohtonom veličinom, kulturnim korijenima Meksika. Pretpostavlja se da je ovaj isusovac naučio Nahuatla u San Javieru, što će mu omogućiti da u emigraciji napiše svoju temeljnu Drevnu povijest Meksika.
Nesumnjivo je njegov boravak u Puebli pridonio kovanju ove izuzetne ličnosti, koja je od Angelópolisa prešla u Valladolid (Morelia), gdje su kasnije njegova učenja utjecala na formiranje nacionalnih figura poput Miguela Hidalga y Costille.
Crkva San Javier, sagrađena u osamnaestom stoljeću, bila je jedna od najljepših građevina ignacijanskog reda u Puebli, njezin je ukras svakog ukusa, arogantna kupola ima jedan toranj, lijepe slike pročelja triju tijela hirovita dorska, kaže Marco Díaz. Njegove arkade i popločani dio dvorišta anarhijski su transformirani 1949. godine, ostavljajući samo bočni ulaz zanimljivih oblika.
U apsidi se nalazila pozlaćena oltarna slika izvrsne i izvrsne izrade, u čijem je središtu, ispod prekrasnog paviljona iste veličine, bila smještena prekrasna slika svetog Franje Ksaverskog. Prema dr. Efraínu Castru, autori ove oltarne slike isti su oni koji su napravili onaj u Tepozotlanu: Miguel Cabrera i Higinio de Chávez.
Hram je napušten protjerivanjem isusovaca 1767. godine; 28 godina kasnije, 1795. godine, govori se o njegovom velikom propadanju, a sljedeće godine Antonio de Santa María Inchaurregui komentira njegov popravak. Konačno odredište njegovih umjetničkih bogatstava trenutno je nepoznato, poput oltarnih slika s likovima svetih Joséa i Ignacija i značajnih gvatemalskih djela. Na naslovnici San Javiera, prilikom čišćenja kamenja, udarci gelera primljeni na mjestu Puebla 1863. godine izbili su kao nijemi svjedoci.
Zakonom koji je izdao Kongres Unije, 13. siječnja 1834. godine, San Javier je postao vlasništvo vlade države Puebla, a tada je nova državna kaznionica izgrađena uz hram i koledž u skladu s s planovima velikog arhitekta i obnovitelja Pueble Joséa Manza (1787. - 1860.), u maniri zatvora u Cincinnatiju. Ovaj projekt, vrlo napredan u svoje vrijeme, obuhvaćao je radionice za rehabilitaciju zatvorenika koje su ih održavale aktivnima i pružale sredstva podrške njihovim obiteljima.
Početna zasluga ovog djela odgovara generalu Felipeu Codallosu, guverneru države između 1837. - 1841., Koji je prvi kamen položio 11. prosinca 1840. Napredak u gradnji bio je izuzetan do 1847. godine, kada je prekinut i ozbiljno pogođen razumom američke intervencije. 1849. s guvernerom Juanom Mújicom y Osorijom radovi su nastavljeni, ali nova intervencija, sada francuska, ponovno je obustavila gradnju.
Nakon uzvišene pobjede 5. svibnja 1862. i zauzimanja vojarne, Poblano Joaquín Colombres pretvorio je kaznionicu u utvrdu Iturbide za obranu grada, postavši herojsko mjesto 1863. San Javier, za svoj Djelomično, od 18. do 29. ožujka te godine bio je vrlo važan bastion u kojem su meksičke trupe napisale jedan od svojih najboljih epova, iako je zgrada bila gotovo potpuno uništena bombardiranjem.
Godinu dana kasnije, 1864. godine, snažni potres znatno je oštetio zatvorski kompleks i zgradu San Javier s koje je pao njegov jedini toranj.
13. prosinca 1879. skupina Pueblana preuzela je zadatak nastaviti i dovršiti veliko djelo, formirajući odbor za obnovu koji je dekretom Državnog kongresa sponzorirao general Juan Crisóstomo Bonilla (guverner od 1878. do 1880.). Radovi su započeli 5. veljače 1880. pod vodstvom arhitekte iz Pueble Eduarda Tamariza i Juana Calve y Zamudio, koji su poštivali izvorne smjernice Joséa Manza.
S kasnijim guvernerima entiteta (generali Juan N. Méndez koji je vladao 1880. i Rosendo Márquez koji je to radio između 1881. i 1892.) zaključen je beskrajan posao. Obnova je bila gotovo dovršena: muški i ženski stanovi, trezori, stepenice, uredi, 36 paviljona i pola tisuće ćelija.
1. travnja 1891. ukinuta je smrtna kazna u državi - prva u zemlji -, stvoren je Odbor za zaštitu zatvorenika i izvršene su razne reforme kaznenog zakona entiteta, a sljedeći dan Porfirio Díaz, predsjednik Republika je pustila u službu kaznionicu.
U vezi s troškovima njegove gradnje, valja spomenuti sljedeće podatke: 1840. godine utvrđen je poseban udio od 2,5% na prodaji likera, a 1848. godine pulkerijama je određena kvota od 2 reales se manarios, " porezi «koji nikada nisu bili dovoljni za veliko djelo. Od 1847. do 1863. uloženo je 119.540,42 pesosa, a od 1880. do 1891. utrošeno 182.085,14.
Općine su mjesečno pokrivale izdržavanje zatvorenika koji su dolazili iz njihove regije. Godišnji izdatak Kaznionice u prvim godinama iznosio je više od 40 tisuća pezosa. 1903. liječnici Gregorio Vergara i Francisco Martínez Baca osnovali su antropometrijski i kriminalistički laboratorij u toj instituciji, kao i muzej s više od 60 lubanja zatvorenika koji su umrli u zatvoru, trenutno pod skrbništvom INAH-a.
Zgrada San Javier imala je razne namjene: vojarne, skladište, vojna bolnica, epidemiološka bolnica, vatrogasni dom, općinski elektro odjel i blagovaonica kaznionice, zbog čega je postupno uništavana. 1948. godine u dvorištu i arkadama San Javiera postavljena je državna škola koja je ozbiljno oštetila arhitektonski kompleks, a 1973. i posljednjih godina njegovi su svodovi bili ozbiljno pogođeni.
Kazneno-popravni zavod u Puebli djelovao je do 1984. godine, godine u kojoj je guverner države Guillermo Jiménez Morales održao popularno savjetovanje kako bi odluku o korištenju i odredištu ovih povijesnih zgrada prepustio ljudima Pueble, u kojoj je zasjala. talent Francisca Javiera Clavijera, naši su autohtoni jezici rašireni i proveden je važan obrazovni rad, uz činjenicu da je nacionalni integritet bizarno branio u oba, barem u dva navrata. Jednoglasno, poblanos je zatražio od izvršne vlasti da preuredi Kazneno popravni zavod i spasi San Javier kako bi ih posvetio kulturnim aktivnostima i kao bogata svjedočanstva ključna za održavanje povijesnog sjećanja na Pueblu.
