Hidalgo je krenuo prema Aguascalientesu i krenuo prema Zacatecasu. Iz Zacatecasa, Hidalgo je prošao Salinas, Venado, Charcas, Matehuala i Saltillo.
Ovdje je utvrđeno da su glavni vođe, s najboljim trupama i novcem, otišli u Sjedinjene Države. Jednom kad su krenuli, rojalisti su ih zarobili 21. ožujka u Norias del Baján ili Acatita del Baján. Hidalgo je odveden u Monclovu, odakle je 26. ožujka otišao kroz Alamo i Mapimí, a 23. ušao je u Chihuahua. Tada je formiran postupak, a 7. svibnja uzeta je prva izjava. Crkvena priroda Hidalga dovela je do toga da se njegovo suđenje odgađalo više od suđenja njegovim suputnicima, a smrtna kazna izrečena je 27. srpnja, a 29. srpnja pogubljen je u Kraljevskoj bolnici u kojoj je Hidalgo bio zatvoren. Ratno vijeće osudilo je zatvorenika da ga se stavi na oružje, a ne na javno mjesto poput njegovih saputnika, i pucajući u prsa, a ne u leđa, čime je sačuvao glavu. Hidalgo je rečenicu čuo mirno i pripremio se za smrt.
Njegov posljednji dan opisan je na sljedeći način: „U zatvoru mu je poslužen čokoladni doručak, a nakon što ga je uzeo, molio je da mu se umjesto vode posluži čaša mlijeka, što je završio s izvanrednim iskazivanjem apetita i zadovoljstva. Trenutak kasnije rečeno mu je da je došlo vrijeme za mučenje; Čuo je to bez promjene, ustao i izjavio da je spreman za polazak. Zapravo je izašao iz odvratne kocke u kojoj se nalazio i, pomaknuvši se petnaest ili dvadeset koraka od nje, na trenutak se zaustavio, jer ga je časnik straže pitao da li mu se nudi nešto da posljednji raspoloži; Na to mu je odgovorio da, da želi da mu donesu slatkiše koje je ostavio na jastucima: doista su ih donijeli i podijelivši ih istim vojnicima koji su ga trebali zapaliti i marširali iza njega, ohrabrio ih je i utješio svojim oproštenjem i njegove najslađe riječi da rade svoj posao; A kako je vrlo dobro znao da mu je naređeno da ne puca u glavu, i bojao se da će puno patiti, jer je još bio sumrak i predmeti se nisu jasno vidjeli, zaključio je rekavši: „Desna ruka koju ću staviti na svoja prsa bit će , djeco moja, sigurna meta do koje morate ići ”.
„Klupa mučenja postavljena je tamo u unutarnjem toralu navedene škole, za razliku od onoga što je učinjeno s ostalim junacima, koji su pogubljeni na malom trgu iza spomenute zgrade i tamo gdje je danas spomenik. što nas podsjeća na njega i novi tržni centar koji je nosio njegovo ime; i kad je Hidalgo znao za mjesto na koje je upućen, krenuo je čvrstim i vedrim korakom i ne dopuštajući da mu se povežu oči, moleći snažnim i žarkim glasom psalam Miserere me; Stigao je do odra, poljubio ga rezignirano i s poštovanjem, i unatoč nekim prepirkama zbog kojih nije sjedio okrenutih leđa, zauzeo je mjesto okrenuto sprijeda, stavio ruku na srce, podsjetio je vojnike da je to točka na koju bi trebali pucati u njega, a trenutak kasnije eksplodiralo je pražnjenje pet pušaka, od kojih je jedna učinkovito probila desnu ruku, a da nije ozlijedila srce. Junak je, gotovo neustrašiv, napeo svoju molitvu, a njihovi su glasovi utihnuli kad je ponovno detonirano još pet puščanih njuški, čiji su meci, prolazeći pored tijela, raskinuli veze koje su ga vezale za klupu, a čovjek je pao u jezero od krvi, još nije bio umro; bila su potrebna još tri metka da bi se zaključilo to dragocjeno postojanje koje je poštovalo smrt više od 50 godina. "
Sunce se jedva rodilo kad se već postavilo za javnost, na stolici i na znatnoj visini, i to točno sa svoje vanjske strane. Njegova glava, s glavama Allendea, Aldame i Jiméneza, bile su smještene u željezne kaveze u uglovima Alhóndige de Granaditas u Guanajuatu. Tijelo je pokopano u trećem redu San Francisca de Chihuahua, a 1824. prtljažnik i glava doneseni su u Meksiko, da bi bili pokopani s velikom svečanošću.
