Calleja je bio organizator i načelnik središnje vojske (1810.-12.) Tijekom rata za neovisnost i šezdeseti potkralj Nove Španjolske, vladajući od 1813. do 1816. godine, jedan od velikih zlikovaca u povijesti Meksika.
Rođen je u Medini del Campo, Valladolid, a umro je u Valenciji. Svoju prvu kampanju izveo je kao potporučnik u zlosretnoj alžirskoj ekspediciji, koju je predvodio grof O'Reilly za vladavine Karla III. Bio je učitelj i kapetan čete od 100 kadeta, uključujući Joaquína Blackea, regenta nakon Španjolske, i Francisca Javiera de Elía, budućeg potkralja Buenos Airesa, u Vojnoj školi u Puerto de Santa María.
U Novu Španjolsku stigao je s drugim grofom Revillagigedom (1789.), kao kapetan priključen fiksnoj pješačkoj pukovniji Puebla, i uspješno izvršavao nekoliko povjerenstava sve dok nije imenovan zapovjednikom brigade San Luis Potosí. Tamo je pod svojim zapovjedništvom imao kanton trupa koje je naredio okupiti potkralj Marquina, kojem je sa svojom četom prisustvovao kapetan Ignacio Allende. Tamo se također oženio Doñom Franciscom de la Gándara, kćerkom kraljevskog zastavnika toga grada, koja je bila vlasnica velike Haciende de Bledos; i stekao je velik utjecaj na ljude u zemlji koji su ga poznavali kao "gospodara Don Félixa".
Kad se dogodila pobuna Hidalga, ne čekajući zapovijedi potkralja, stavio je trupe svoje brigade na oružje, povećao ih novim i organizirajući ih i disciplinirajući, formirao je malu (4.000 ljudi), ali moćnu vojsku centra, koja je uspjela poraziti Hidalgo i suočite se sa strašnom ofenzivom koju je započeo Morelos.
Calleja se povukao u Meksiko nakon opsade Cuautle (svibanj 1812.), a u svojoj rezidenciji (Casa de Moncada, kasnije nazvana Iturbide Palace) imao je svoj mali sud na kojem se slagalo nezadovoljstvo vladom Venegasa, koga su optužili za nedostatak novca i nemoćan da zaustavi i završi revoluciju. Otprilike 4 godine kasnije vladao je zemljom kao potkralj. Završio je vojsku tako da je dosegla 40 000 ljudi linijskih trupa i provincijskih milicija, a isto toliko rojalista organiziralo se u svim gradovima i imanjima, od kojih su neki odlazili uglavnom iz samih provincija koje su bile u revoluciji; reorganizirao je Javne financije, čiji su se proizvodi povećavali s novim porezima; ponovno je uspostavila trgovački promet s čestim konvojima koji su ponovno kružili s jednog kraja kraljevstva na drugi i redovitim poštanskim uslugama; i povećao performanse i carinske proizvode.
To pretpostavlja kontinuirane i intenzivne kampanje koje je promovirao protiv pobunjenika, u kojima je Morelos podlegao. Odlučan i nesavjestan čovjek, nije se zaustavio u medijima i zatvorio je oči pred zlostavljanjima koja su počinili njegovi zapovjednici, ako su revno služili pravoj stvari. Tako se učinio mrskim prema suvremenicima.
Vraćen u Španjolsku, dobio je naslov grofa od Calderóna (1818) i velike križeve Isabel la Católica i San Hermenegildo. Nakon što je bio general-kapetan Andaluzije i guverner Cádiza, zapovijedao je ekspedicijskim trupama Južne Amerike, koje su se ustale prije odlaska i svele u zatvor (1820). Pušten, odbio je vladu Valencije i bio zatvoren na Mallorci do 1823. godine. Pročišćen 1825. godine, ostao je u vojarni u Valenciji do svoje smrti.
