Kako nisu znali dokle se prostirao sjever zemlje, isusovci su stigli u Chihuahua. U 17. stoljeću sadašnju državu na njezinom je jugozapadnom dijelu činilo ono što je bilo poznato kao regija Chínipas, dok je ostatak teritorija bio podijeljen između gornje i donje Tarahumare.
Prvi pokušaji evangelizacije Chihuahua dolazili su od putovanja isusovaca, prethodno naseljenih u državi Sinaloa. Prva koja je sagrađena u regiji bila je ona koju je podigao otac Juan Castini 1621. godine i poznata kao misija Chínipas.
Isusovci su radili u planinama među Indijancima Tepehuane, Guazaparas i Tarahumara, dok su franjevci radili u dolinama i ravnicama. Prvi stabilni misionar u regiji Chínipas bio je isusovac otac Julio Pascual, mučenik 1632. godine zajedno s ocem Manuelom Martínezom. Do 1680. Fray Juan María Salvatierra dao je snažan impuls misiji koja je bila konsolidirana u godinama 1690. i 1730. Sredinom 17. stoljeća isusovačke misije u regiji Chínipas postale su jedna od najbolje organiziranih i naprednih.
Na jugu je bio Nabogame u kojem još uvijek možete vidjeti crkvu, kurat i misijsku kuću koju je sagradio otac Miguel Wiytz 1744. godine. Baborigame Satevo nalazi se na istom području, koje je novu snagu dobilo upravom oca Luisa Martína. i Tubares, koji je 1699. osnovao otac Manuel Ordaz, a oživio ga je uprava povjesničara Félixa Sebastiána. Potonji se smatrao jednim od najbogatijih u crkvi, kući, stoci i na rančevima. U središtu su misije Cerocahui, Guazapares, Chínipas, Santa Ana i na sjeveru Babarocos i Moris.
Područje Tarahumara Baja prvi je evangelizirao otac Juan Fonte, koji je prvi put ušao 1608. godine. 1639. godine otac Jerónimo Figueroa izgradio je misiju San Pablo Balleza i misiju Huejotitán (San Jerónimo), dok je u isto vrijeme otac José Pascual gradio San Felipe. Unutar iste regije Tarahumara nalaze se i La joya, Santa María de las Cuevas i San Javier Savetó, posljednju misiju koju je 1640. godine izgradio otac Virgilio Máez.
Što se tiče teritorija Tarahumara Alte, koji je obuhvaćao središte i sjever ovog entiteta, evangelizacijski rad započeli su očevi Tardá, Guadalajara, Celada, Tarkay i Neuman. Misije uključene u ovu regiju bile su: Tonachi, Norogachi, Nonoava, Narárachi, Sisoguichi, Carichi, San Borja, Temechí ili Temeichi, Coyachi ili Coyachic, Tomochi ili Tomochic, Tutuaca ili Tutuata, Papigochi, Santo Tomás, Matachi i Matachi. Sredinom sedamnaestog stoljeća, isusovačka misija Chihuahua postala je najbolje organizirana i administrirana, osim onih u Kaliforniji.
Na teritoriju Chihuahuana djelovalo je i misionarsko djelovanje franjevaca. Cilj redovnika bio je upotpuniti vezu koja je već postojala na sjeveru Zacatecasa, za koju su osnovali samostane u Chihuahua i Durango. Samostani su, poput jezuita, morali ispuniti cilj evangelizacije nevjernika. Izgrađene su zgrade Gospe od Sjevera, koja je danas Ciudad Juárez, San Buenaventura de Atotonilco (Villa López), Santiago Babonoyaba, Parral, Santa Isabel de Tarahumara, San Pedro de los Conchos, Bachiniva ili Bacínava (Gospa od Rođenja ), Namiquipa (San Pedro Alcántara), Carretas (Santa María de Gracia), Julimes, San Andrés, Nombre de Dios, San Felipe el Real de Chihuahua i Casas Grandes.
