Stalni upadi španjolskog osvajača Don Nuño Beltrána de Guzmana prema zapadnim zemljama zemlje, kako bi povećao svoju vlast i moć nad tim teritorijima, rezultirali su uspostavom nove provincije nazvane Kraljevina Nova Galicija.
Regija je bila naseljena raznim autohtonim skupinama, koje su neprestano pustošile naselja koja su Španci u njoj osnivali. Poručnik Nuño de Guzmána, kapetan Juan B. de Oñate dobio je zapovijed da smiri te provincije i da osnuje Villa de Guadalajara u mjestu zvanom Nochistlán, što je činjenica koju je konzumirao 5. siječnja 1532. S obzirom na česte autohtone napade na grad morao se preseliti godinu dana kasnije u Tonalá, a kasnije u Tlacotlán. Treći je prijenos izvršen radi naseljavanja grada u dolini Atemajac, gdje je grad definitivno osnovan 14. veljače 1542. uz prisustvo Cristóbala de Oñatea kao guvernera Nove Galicije i don Antonija de Mendoze, tadašnji potkralj Nove Španjolske, koji je imenovao Miguela de Ibarru gradonačelnikom i namjesnikom.
Grad se brzo razvijao i počeo se natjecati s gradom Compostele (danas Tepic), koja je tada bila sjedište vjerskih i građanskih vlasti, tako da su stanovnici Guadalajare vršili takav pritisak na vlasti Audiencije, da je kralj Felipe II odlučio je izdati Cédulu od 10. svibnja 1560. o premještanju iz Compostele u Guadalajaru, katedralu, kraljevski dvor i dužnosnike Riznice.
Urbana struktura planirana je prema strukturi ostalih kolonijalnih gradova, pa je njezin izgled razvijen u obliku šahovnice s trga San Fernando. Kasnije je susjedstvo Mexicaltzingo i Analco osnovao Fray Antonio de Segovia, te susjedstvo Mezquitán, jedno od najstarijih. Podignute su i kuće gradske vijećnice, nasuprot sadašnjem hramu San Agustín i prvoj župnoj crkvi u kojoj se nalazi Palača pravde.
Danas, veličanstveni grad, plodan kolonijalnim zgradama, pokazuje velik broj relevantnih arhitektonskih primjera, kao što je katedrala, mjesto koje je potrebno posjetiti, a sagradio ga je arhitekt Martín Casillas između 1561. i 1618. godine. Njegov je stil klasificiran kao početni barok. Njegova čvrsta struktura uzdiže se ispred današnje Plaza de Guadalajara, sa znatiželjnim kulama koje su, iako ne pripadaju izvornom stilu zgrade, trenutno prepoznate kao simbol glavnog grada Guadalajare. Primitivne kule uništene su u 19. stoljeću potresom, zbog čega su dodane i one koje danas ima. Unutrašnjost hrama izrađena je u polugotičkom stilu, uključujući i svodove izrađene od čipke.
Ostala vjerska područja iz 16. stoljeća su samostan San Francisco, osnovan 1542. godine u blizini rijeke, u četvrti Analco, i gotovo potpuno uništen u reformaciji. Sačuvan je njegov hram, obnovljen krajem 17. stoljeća, s baroknom fasadom skromnih solomonskih linija. Samostan San Agustín, osnovan je 1573. godine kraljevskom uredbom Felipea II. Trenutno čuva svoj hram s pročeljem oštrih herrerijanskih linija i unutrašnjošću s rebrastim svodovima.
Santa María de Gracia, još jedan od samostanskih temelja, zauzele su dominikanske časne sestre iz Pueble, sagrađene 1590. godine ispred Plaza de San Agustín, a platio Hernán Gómez de la Peña. Gradnja je zauzela šest blokova, iako danas opstaje samo njezin hram, s neoklasičnom fasadom iz druge polovice 18. stoljeća.
