Rođen u Comu u Italiji 1702. plemenitog roda. U Španjolskoj, gdje stiže bježeći od rata u Austriji, dobiva široka ovlaštenja da u kraljevskom Cajasu u Meksiku prikupi mirovinu potomaka Moctezume.
Putovao je u Novu Španjolsku 1736. Tijekom osam godina boravka posvetio se istraživanju ukazanja Djevice Guadalupe, prikupljajući značajan grafički i piktografski materijal. Promovira krunu slike Guadalupane, što uzrokuje nepovjerenje u viceregalne vlasti. Zarobljen je i oduzeta mu je kolekcija. Mjesecima kasnije, nakon što je deportiran u Španjolsku, ukrcava se na brod koji pada u ruke gusara koji ga napuštaju u Gibraltaru.
S velikim djelima stigao je u Španjolsku i stupio u kontakt sa kolekcionarom Marianom Fernándezom de Echeverríay Veytijom koji je oslobađajuću presudu postigao imenovanjem kraljevskim ljetopiscem Indije, što je položaj koji je Boturini odbio da bi se posvetio pisanju o povijesti autohtonih naroda. Iako nikada nije oporavio svoju zbirku, na njoj je napisao Katalog indijskog muzeja. Njegovo je djelo vrlo originalno i dobro dokumentirano. Umro je u Madridu nesigurnog datuma, između 1750. i 1755. godine.
