Izgrađena na padinama brežuljaka, urbana struktura ovog grada morala se prilagoditi topografskim aspektima terena, iako je pokušavala poštivati mrežasti oblik poput šahovske ploče.
Taj je aspekt dugoročno omogućio da raste na odmjeren i skladan način, koji je tijekom stoljeća sačuvao svoj izvorni karakter. Njegov je temelj proizašao iz potrebe da zaštiti i zaštiti putnike koji su tranzitirali između Zacatecasa i glavnog grada tadašnje kraljevine Nove Španjolske, prevozeći uglavnom minerale i koji su bili opsjednuti od autohtonih nomada države Chichimeca. Oko 1542, Fray Juan de San Miguel osnovao je u blizini današnjeg grada grad s imenom Itzcuinapan, posvetivši Arkanđela San Miguela zaštitnikom. To je primitivno stanovništvo imalo ozbiljne probleme s opskrbom vodom, uz kontinuirane i nasilne napade autohtonih Chichimeca iz okolnih regija. Iz tog su razloga stanovnici Ville de San Miguel preselili naselje nekoliko kilometara sjeveroistočno; To je bilo mjesto gdje bi 1555. godine, na zahtjev potkralja don Luisa de Velasca, vilu de San Miguel el Grande osnovao don Ángel de Villafañe. Zamjenik je također zahtijevao da se tamo nasele španjolski susjedi, kojima će se dodijeliti zemlja i stoka, dok će autohtonim ljudima koji su u njemu živjeli oprostiti danak i njima će upravljati njihovi poglavari kako bi izbjegli buduće pobune.
Osmog ožujka 1826. Državni kongres od njega je stvorio grad i promijenio ime, koje će odsad biti San Miguel de Allende, u čast slavnog pobunjenika koji je ondje rođen 1779. godine.
Unutar ove atraktivne kolonijalne slike smješteno je nekoliko doista izvanrednih palača tog doba. Među najistaknutijima su Općinska palača, nekadašnja vijećnica sagrađena 1736. godine. Kuća u kojoj je rođen Ignacio Allende, primjer barokne arhitekture grada, posebno na njezinu pročelju, a koja je trenutno Regionalni muzej. Casa del Mayorazgo de la Canal, s prekrasnim neoklasičnim pročeljem, dovršio je potkraj 18. stoljeća José Mariano de la Canal y Hervas, stariji čovjek, dekan i kraljevski zastavnik. Stara kurija Don Manuela T. de la Canala, građevina iz 1735. godine, koja je obnovljena prema projektu slavnog španjolskog arhitekta Don Manuela Tolsá 1809. godine; u zgradi se trenutno nalazi institut Allende i ističe širinu svojih unutarnjih dvorišta, prekrasnu kapelu i svoje izvanredne lukove. Kuća inkvizitora, koja je služila kao rezidencija povjerenika Svetog ureda i koja datira iz 1780. Kuća Marqués de Jaral de Berrio, sagrađena krajem 18. stoljeća, i kuća grofova Loja sa svojim elegantnim pročeljem.
Što se tiče vjerske arhitekture, grad se također može pohvaliti arhitektonskim blagom od iznimne vrijednosti, poput crkve i samostana Santo Domingo, trijezne zgrade iz 1737. godine. Samostan Leal de la Concepción, koji je trenutno Kulturni centar, Izvanredna je zgrada zbog svog velikog dvorišta; Sagradio ga je u 18. stoljeću arhitekt Francisco Martínez Gudlño.
Kapela Santa Cruz del Chorro, jedna od najstarijih; hram Trećeg reda, koji datira s početka sedamnaestog stoljeća. Prekrasna cjelina hrama i oratorija San Felipe Neri, s početka 18. stoljeća; crkva ima bujno barokno pročelje izrađeno u ružičastom kamenolomu i ukrašeno snažnim autohtonim utjecajem. Njegova unutrašnjost ima raznoliku i bogatu dekoraciju između namještaja, skulptura i slika vrijednih divljenja, uz sjajnu kapelu Santa Casa de Loreto i njezin Camarín de la Virgen, izvrsno uređeni i zbog odanosti markiza Manuela Tomás de la Canal. U blizini oratorija nalazi se hram Gospe od Zdravlja, sagrađen u 18. stoljeću s udubljenom fasadom okrunjenom velikom školjkom.
Također među najatraktivnijim u gradu je hram San Francisca iz 18. stoljeća s prekrasnim pročeljem Churrigueresque, a poznata župa gotovo je simbol San Miguela de Allendea; Iako je novija gradnja u neogotičkom stilu sagrađena na strukturi starog hrama iz 17. stoljeća, poštujući u potpunosti njegovu unutrašnjost i izvorni plan.
U neposrednoj blizini grada nalazi se svetište Atotonilco, građevina trijeznih proporcija iz 13. stoljeća koja izgleda poput tvrđave i unutar koje su sačuvane vrijedne slike iz istog stoljeća.
